В чем основные сложности пpи снятии защит типа затычек в поpт?

Да, ломается все, при условии что есть работоспособная копия. Hо время
ломания может превысить время написания.

1 - обращения к ключу идут из разных мест программы с разной частотой и
вероятностью, из некоторых к примеру раз в 10 лет :) В результате бесполезна
трассировка обращений к портам.

2 - функция ключа не просчитывается аналитически и не дампируется. К примеру
200 бит на входе, 200 на выходе, внутри RSA.

3 - данные от ключа не используются явно. Где то могут использоваться для
криптования части кода, где-то в качестве коэффициентов в мат вычислениях. Это к
тому, чтобы нельзя было вскрывать без наличия ключа.

Можно еще десяток закидонов придумать и в результате для корректного вскрытия
придется детально, команду за командой просмотреть весь код и при этом не быть
уверенным, что случайно не пропустил что-то, что проявится через год.